PCR八連管的高通量特性帶來(lái)了效率優(yōu)勢(shì),但也放大了污染風(fēng)險(xiǎn)。通過(guò)建立規(guī)范的操作流程、合理的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和嚴(yán)格的質(zhì)控體系,可以最大限度地降低污染概率。值得強(qiáng)調(diào)的是,防污染意識(shí)比任何具體技術(shù)都重要,實(shí)驗(yàn)人員應(yīng)養(yǎng)成"懷疑一切"的習(xí)慣性思維,對(duì)每個(gè)可疑信號(hào)保持警惕,才能確保PCR結(jié)果的可靠性。
一、PCR污染的主要來(lái)源
PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))技術(shù)因其高靈敏度和高效率被廣泛應(yīng)用于分子生物學(xué)領(lǐng)域,而八連管作為常用的反應(yīng)容器,在使用過(guò)程中容易成為污染源。PCR污染主要分為三類(lèi):樣本間交叉污染、擴(kuò)增產(chǎn)物污染以及試劑/設(shè)備污染。其中,擴(kuò)增產(chǎn)物污染最為常見(jiàn)且危害最大,因?yàn)镻CR產(chǎn)物含有大量目標(biāo)DNA片段,極微量的污染就可能造成假陽(yáng)性結(jié)果。
在八連管使用場(chǎng)景中,污染風(fēng)險(xiǎn)尤為突出。八連管的密集排列設(shè)計(jì)雖然提高了實(shí)驗(yàn)效率,但也增加了管間交叉污染的可能性。當(dāng)操作不當(dāng)時(shí),開(kāi)蓋瞬間產(chǎn)生的氣溶膠可能攜帶DNA片段在管間傳播,或者通過(guò)移液器吸頭、操作者手套等媒介造成污染擴(kuò)散。
二、八連管操作中的防污染措施
物理隔離是防止PCR污染的首要原則。實(shí)驗(yàn)應(yīng)在獨(dú)立的潔凈區(qū)域進(jìn)行,理想狀態(tài)下應(yīng)將樣品準(zhǔn)備區(qū)、反應(yīng)體系配制區(qū)和擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)嚴(yán)格分開(kāi)。對(duì)于八連管操作,建議在超凈工作臺(tái)或生物安全柜內(nèi)完成加樣步驟,利用垂直層流形成單向氣流屏障。
操作技巧優(yōu)化能顯著降低污染風(fēng)險(xiǎn)。開(kāi)蓋時(shí)應(yīng)采用平穩(wěn)緩慢的動(dòng)作,避免突然彈開(kāi)管蓋產(chǎn)生氣溶膠。使用八連管專(zhuān)用開(kāi)蓋器可以減少手動(dòng)操作帶來(lái)的不確定性。加樣順序應(yīng)從低濃度樣本到高濃度樣本,陰性對(duì)照應(yīng)最后加入。每次加樣后及時(shí)更換手套,至少每處理4-5個(gè)樣本就應(yīng)更換一次吸頭。
離心步驟常被忽視但卻至關(guān)重要。在PCR反應(yīng)開(kāi)始前,將所有八連管在微量離心機(jī)中短暫離心(2000rpm,10秒),可使管壁液體沉至管底,減少開(kāi)蓋時(shí)液體飛濺的風(fēng)險(xiǎn)。離心時(shí)使用平衡管,確保離心力均勻分布,避免管蓋意外開(kāi)啟。
三、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與污染監(jiān)控
合理的陰性對(duì)照設(shè)置是監(jiān)測(cè)污染的關(guān)鍵。除了常規(guī)的試劑陰性對(duì)照外,建議在八連管中設(shè)置空間分布合理的多個(gè)陰性對(duì)照位點(diǎn),如四角和中點(diǎn)位置,以便更全面地監(jiān)控可能的位置特異性污染。當(dāng)使用同一八連管進(jìn)行多重PCR時(shí),每個(gè)目標(biāo)基因都應(yīng)設(shè)置相應(yīng)的陰性對(duì)照。
紫外照射是消除DNA污染的經(jīng)典方法。實(shí)驗(yàn)前,工作臺(tái)面、移液器表面等可用254nm紫外燈照射15-30分鐘。對(duì)于八連管架、離心機(jī)轉(zhuǎn)子等不易直接照射的部位,可使用3%過(guò)氧化氫或10%次氯酸鈉溶液擦拭。值得注意的是,某些塑料制品長(zhǎng)期暴露于紫外線(xiàn)下會(huì)變脆,應(yīng)控制照射時(shí)間和強(qiáng)度。
引入dUTP/UNG系統(tǒng)能從分子水平防止污染。在PCR反應(yīng)體系中用dUTP代替部分dTTP,使擴(kuò)增產(chǎn)物中含有尿嘧啶。下次實(shí)驗(yàn)前加入尿嘧啶DNA糖基化酶(UNG),可特異性降解含U的污染產(chǎn)物,而對(duì)天然模板DNA無(wú)影響。這種方法特別適合高通量八連管實(shí)驗(yàn),可有效控制既往擴(kuò)增產(chǎn)物的污染。
四、污染發(fā)生后的處理措施
一旦確認(rèn)污染發(fā)生,系統(tǒng)排查污染源至關(guān)重要。通過(guò)分析陽(yáng)性結(jié)果的出現(xiàn)模式(如特定位置重復(fù)陽(yáng)性),可以判斷是隨機(jī)污染還是系統(tǒng)性污染。對(duì)可能污染的試劑應(yīng)進(jìn)行小批量測(cè)試,逐步更換直至找到污染源。對(duì)于八連管架、離心機(jī)等設(shè)備,應(yīng)拆卸后進(jìn)行清潔。
去污染處理需要綜合多種方法。工作區(qū)域可用DNA去除劑全面擦拭,移液器應(yīng)拆卸后用75%乙醇和DNA去除劑交替清洗。嚴(yán)重污染情況下,可能需要更換整套八連管和試劑,并暫停實(shí)驗(yàn)數(shù)日,讓環(huán)境中的DNA污染物自然降解。